隨著科學技術(shù)的發(fā)展，各種先進技術(shù)應(yīng)運而生（X 射線晶體衍射法、多維核磁共振法、掃描隧道顯微技術(shù)等），使得越來越多生物靶標（蛋白質(zhì)、核酸、多糖等）的空間結(jié)構(gòu)被解析。同時計算機科學的發(fā)展又極大地提高了計算和分析的速度和精度。因此，自上世紀90 年代起，合理藥物設(shè)計就逐漸成為一種實用技術(shù)接融入到藥物研發(fā)的各個環(huán)節(jié)。